Nacionālais botāniskais dārzs Salaspilī ir dibināts 1956. gadā, tomēr tā pirmsākumi meklējami jau 18. gadsimtā.
Johans Hermanis Cigra (I. H. Zigra), pērkot nelielas, paputējušas dārzniecības, 1798. gadā nodibināja stādaudzētavu, kas 50 gadus vēlāk nonāca Šohu – Bēru dzimtas īpašumā. 1836. gadā kāds uzņēmīgs dārznieks, Kristiāns Vilhelms Šohs, izveidoja dārzkopības firmu “C. W. Schoch” ar sēklu tirgotavu Rīgā un stādaudzētavām Ganību dambī. Paplašinoties Rīgas ostai, to 1898. gadā pārcēla uz Salaspili, kur mūsdienās atrodas Nacionālais botāniskais dārzs.
K. V. Šoha firma iepirka sēklas un stādus pavairošanai no Rietumeiropas, arī no slavenās L. Špēta kokskolas Berlīnē. Pirms I pasaules kara Salaspils kokaudzētava katru gadu pārdeva 50 līdz 60 tūkstošus augļu koku un vēl vairāk krāšņumaugu gan Latvijā, gan Krievijas Eiropas daļā. Neatkarīgās Latvijas laikā gan platības, gan augu daudzveidības ziņā Salaspilī bija lielākā kokaudzētava Baltijas valstīs.
1944. gadā stādaudzētavu nacionalizēja un izveidoja Valsts Augļu koku un ogulāju izmēģinājumu audzētavu. 1947. gadā to pārdevēja par Dārzkopības izmēģinājumu staciju. Tomēr, lai kādas bija pārmaiņas nosaukumos, te, balstoties uz Šoha dārzu bagātīgo pieredzi, plaši audzēja augļu kokus, ogulājus un krāšņumaugus.
1956. gada 1. septembrī tādi Latvijas zinātnieki kā prof. P. Galenieks, A. Kalniņš, J. Sudrabs un akadēmiķis A. Ozols panāca, ka audzētava kļūst par Zinātņu akadēmijas Botānisko dārzu. Par tā pamatu kalpoja audzētavu bagātās augu kolekcijas (vairāk nekā 2000 augu dažādību). Kopējā dārza platība tolaik bija 198 ha (šobrīd – 129 ha).
Botānisko dārzu dibinot, tika noteikti tā galvenie uzdevumi: pētījumi botānikā, dekoratīvajā dārzkopībā, apstādījumu veidošanā, augu introdukcijā, ģenētikā, selekcijā, ka arī pētījumu popularizēšana. 1968. gadā dārzam piešķīra zinātniskās pētniecības institūta statusu.
Latvijai atgūstot neatkarību, 1992. gadā dārzs ieguva Nacionālā botāniskā dārza statusu, ar likumu atzīstot to par valsts nozīmes izglītības, kultūras un zinātnes objektu.
2015. gada. 23. aprīlī tika atklāts jaunais Nacionālā botāniskā dārza oranžēriju komplekss. Jaunās oranžērijas celtniecības darbi, ko veica būvdarbu uzņēmums SIA “EKOTEH”, aizsākās 2013. gadā ERAF projekta „Bioloģiskās daudzveidības saglabāšanas ex-situ infrastruktūras izveide” ietvaros, kuru finansēja Eiropas Reģionālās attīstības fonds.Kopējais finansiālais ieguldījums – 3, 4 miljoni eiro.
Botāniskā dārza direktori hronoloģiskā secībā:
Artūrs Mauriņš, dr.hab.biol., 1956.-1958.
Ilmārs Zunde, lauks. zin. kand., 1958.-1967.
Viktors Ozoliņš, 1967.-1980.
Andris Zvirgzds, dr.biol.h.c., 1980.-1992.
Kārlis Buivids, dr.biol., 1992.-2002.
Ģederts Ieviņš, dr.hab.biol., 2002.-2006.
Andrejs Svilāns – 2006.-2019.
